國家級科研機構：

水資源高效利用與工程安全國家工程研究中心

水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室

省部級科研機構：

淺水湖泊綜合治理與資源開發教育部重點實驗室

疏浚技術教育部工程研究中心

巖土力學與堤壩工程教育部重點實驗室

教育部城市環境與可持續發展聯合研究中心

江蘇省循環經濟工程中心

南方地區高效灌排與農業水土環境教育部重點實驗室

海岸災害及防護教育部重點實驗室

水利水電工程安全教育部工程研究中心

江蘇省交通基礎技術工程研究中心

江蘇省巖土工程技術工程研究中心

水利部水力發電工程重點實驗室

水利部巖土工程重點實驗室

水利部結構力學與水工結構工程重點實驗室

水利部河口海岸工程重點實驗室

水利部機電控制及自動化重點實驗室

水利部水庫移民經濟研究中心

水利部水工金屬結構安全檢測中心

水利部節水園區

水利經濟研究所

南京土工合成材料工程技術研究中心

國際合作科研機構：

中－荷環境巖土工程合作研究中心

中德水資源研究所

中港水利建設3S技術應用聯合實驗室

中加瞬變流仿真與控制研究中心

中德海岸工程研究所??
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