學院前身內蒙古工業學校，創建于1952年9月，原名扎蘭屯工業學校。1953年7月經內蒙古自治區政府工業部批準更名為“內蒙古工業學校”，1956年8月由扎蘭屯遷到呼和浩特海拉爾大街40號，是新中國成立后內蒙古自治區成立的第一所工科類中等專業學校。2003年5月經自治區人民政府批準，升格為高等職業技術學院，更名為內蒙古機電職業技術學院，隸屬于自治區人民政府。建校58年來，共培養出35000多名畢業生，在推動自治區工業化進程中發揮了重要作用，是內蒙古能源、冶金行業最大的高素質高級技能型專門人才培養基地。

學院成立后，在自治區黨委、政府的關懷下，在上級有關部門的正確領導和大力支持下，學院領導班子帶領廣大教職工解放思想、更新觀念，搶抓機遇，開拓進取，用發展的辦法解決歷史和發展中存在的問題。使學院在人才培養、專業建設、教學改革、師資隊伍建設、人事分配制度改革、招生就業和基本建設等方面取得了長足的發展，形成了以全日制高等職業教育為主，兼辦中等職業教育，同時面向社會開展多形式、多層次的職業技能培訓的辦學格局。

內蒙古機電職業技術學院已于2009年8月整體搬遷入住新校區，新校區規劃總建筑面積33萬平方米。建設規模為29.7萬平方米的一期工程，于2007年8月20日開工建設，2009年8月竣工并投入使用。