我校畢業生因基礎扎實、動手能力強、有敬業精神而受到用人單位的廣泛好評，就業率連續多年蟬聯江蘇省高校榜首，是教育部直屬高校中就業率最高的院校之一，2009年，我校被教育部授予“全國普通高等學校就業工作先進集體”榮譽稱號。2009屆畢業生總就業率為99.31%，其中研究生就業率100%，本科生就業率99.89%，專科生就業率95.72%。

70余年來我校培養了6萬多名高素質的藥學專門人才，孕育了一批藥學界的名家大師，如中國科學院首批學部委員，我國中醫藥界的一代宗師，著名中醫中藥學家葉桔泉；中國工程院院士，我國化學制藥、藥物化學專業創建人之一，著名藥物化學家彭司勛；中國科學院院士，我國生藥顯微鑒定的奠基人，著名生藥學家徐國鈞；中國科學院院士，為我國“兩彈一星”研制作出重要貢獻的著名有機化學家袁承業；中國工程院院士，我國醫藥工業現代化生產技術開發的先驅者之一，著名藥物化學家沈家祥；中國科學院院士，著名植物資源與植物化學家周俊；中國工程院院士，我國中藥生物技術的開拓者，著名中藥生物工程專家胡之璧；成功研制出3個意義重大的創新藥物的著名藥物化學家謝晶曦；著名生藥學家和本草學家謝宗萬；我國甾體藥物研發領域開拓者之一，著名藥物學家廖清江；我國第一位執業藥師，著名藥劑學家劉國杰；我國藥物分析學科的主要倡導者，著名藥物分析學家安登魁等。