學院是由原呼倫貝爾蒙醫學校、原呼倫貝爾市民族藝術學校、原呼倫貝爾工業學校、原內蒙古大興安嶺衛生學校四所中等職業學校進行整合組建而成。2008年7月17日經內蒙古自治區教育廳批準開始籌建。2009年9月26日，內蒙古自治區教育廳批準正式成立呼倫貝爾職業技術學院，報教育部備案。2010年9月招收首屆大專生并正式運行。2015年4月3日，經呼倫貝爾市政府市長辦公會議決定，原呼倫貝爾職業技術學校并入學院。