1998年，安徽省常務副省長張平率政府代表團訪問澳大利亞，與西澳州政府在珀斯（Perth）簽訂了科技與教育合作協議，由安徽省科技培訓中心與西澳州中央政府理工學院（TAFE）聯合成立安徽中澳科技繼續教育學院。2000年作為安徽大學的專科教學點開始普通高等教育招生。2003年6月，經安徽省人民政府批準報教育部備案，在安徽省科技培訓中心（1984年創辦）和安徽省計算中心（1979年創辦）的基礎上成立安徽中澳科技職業學院。2010年12月，學院順利通過安徽省教育廳組織的人才培養工作評估。