國家重點實驗室：

國家地球物理探測儀器工程技術研究中心

超分子結構與材料國家重點實驗室

理論化學計算國家重點實驗室

超硬材料國家重點實驗室

汽車仿真與控制國家重點實驗室

集成光電子學國家重點聯合實驗室(吉林大學實驗區)

無機合成與制備化學國家重點實驗室

教育部重點實驗室：

新型電池物理與技術教育部重點實驗室（籌）

地下水資源與環境教育部重點實驗室（籌）

相干光與原子分子光譜教育部重點實驗室(籌）

人獸共患病研究教育部重點實驗室

東北亞生物演化與環境教育部重點實驗室

地球信息探測儀器教育部重點實驗室

病理生物學教育部重點實驗室

汽車材料教育部重點實驗室

工程仿生教育部重點實驗室

分子酶學工程教育部重點實驗室

符號計算與知識工程教育部重點實驗室

行業部委開放/重點實驗室：

信息產業部信息科學重點實驗室

信息產業部通信新技術重點實驗室

信息產業部通信軟科學重點實驗室

信息產業部計算機通信重點實驗室

衛生部放射生物學重點實驗室

國家中醫藥管理局腫瘤細胞生物學實驗室

國家中醫藥管理局免疫與分子生物學實驗室

國家中醫藥管理局中藥制劑實驗室

國家中醫藥管理局中藥藥理實驗室

國家中醫藥管理局中藥生物工程實驗室

國家中醫藥管理局中藥藥代動力學實驗室

國家中醫藥管理局中藥化學實驗室

國家中醫藥管理局分子生物學實驗室

國土資源部應用地球物理綜合解釋理論開放研究實驗室

國土資源部現代地球物理儀器開放研究實驗室

國土資源部復雜條件鉆進技術開放研究實驗室

國土資源部功能礦物材料應用基礎與物化性能檢測方法開放研究實驗室

國土資源部地球探測技術及儀器開放研究實驗室

國土資源部水資源評價管理系列模型開放研究實驗室

國土資源部變質動力學及地質流體開放研究實驗室

教育部工程中心：

地熱資源開發技術與裝備教育部工程研究中心

網絡技術及應用軟件教育部工程研究中心

有機聚合物光電材料教育部工程研究中心

特種工程塑料教育部工程研究中心

汽車開發教育部工程研究中心