學院創建于1996年。建校之初為甘肅省國防中等專業學校，由教育廳批準成立，甘肅省計委、省國防教育委員會、省軍區共同主管，辦學采取軍隊院校管理模式，培養軍地兩用人才。2013年5月，經省政府、省教育廳綜合評估，通過教育部備案，更名為蘭州科技職業學院，辦學層次升格為高等學歷教育，2014年納入國家普通高考招生計劃。