重慶中醫藥學院前身為1951年西南軍政委員會衛生部創辦的重慶中醫進修學校，曾先后更名為四川省重慶中醫學校、重慶市中醫學校。

2001年重慶市中醫學校整體并入重慶醫科大學，組建了重慶醫科大學中醫藥學院。2023年以重慶醫科大學中醫藥學院為主要辦學基礎，充分整合重慶市中醫院、重慶市中藥研究院、重慶市藥物種植研究所等全市中醫藥教學科研優質資源組建重慶中醫藥學院，于6月6日經教育部批準成功設置，6月30日揭牌，同年9月2日招生辦學。