學校的前身是創建于1935年的廣東省立高級水產職業學校，是廣東現代海洋水產教育的發端，原暨南大學水產系、原華南工學院（現華南理工大學）湛江分院先后并入，1979年升格發展為農業部直屬的湛江水產學院。經教育部批準，具有62年辦學歷史的湛江水產學院和39年辦學歷史的原華南農學院（現華南農業大學）湛江分院為基礎發展起來的湛江農業專科學校，1997年進行實質性合并組建為湛江海洋大學。2001年12月，國家氣象局主管的全國重點中專湛江氣象學校并入湛江海洋大學。2005年6月，湛江海洋大學更名為廣東海洋大學。2021年1月,省委、省政府明確由我校作為舉辦校，與陽江市政府、省教育廳、華南理工大學共建廣東海洋大學陽江校區。