學校的前身是廣東省1954年創辦的海南黎族苗族自治區師范學校和1958年創辦的海南黎族苗族自治州師范專科學校。后幾經分合、調整、更名，于1993年由海南省通什師范專科學校和海南省通什教育學院合并組建為瓊州大學（專科）。2006年瓊州大學升格為本科院校，更名為瓊州學院。同年4月海南民族師范學校并入瓊州學院。2009年學校主校區由五指山市搬遷至三亞市。2015年9月，更名為海南熱帶海洋學院。