1996年，國務院批準組建地級宿遷市。建市之初，全市沒有一所高等院校。為推進高教事業發展，1998年起，宿遷市依托中國礦業大學和原徐州師范大學（現江蘇師范大學）分別建立了中國礦業大學宿遷分校和徐州師范大學宿遷分校，2000年，省政府同意在礦大分校基礎上籌建宿遷職業技術學院。

2002年6月，江蘇省人民政府印發《關于建立宿遷學院（宿遷職業技術學院）的通知》（蘇政發〔2002〕82號），決定“將宿遷職業技術學院（籌）和徐州師范大學宿遷分校合并組建宿遷學院（宿遷職業技術學院）。”合并組建的宿遷學院由院本部（宿遷職業技術學院）、師范部（宿遷師范、沭陽師范）、電大部（宿遷廣播電視大學）組成。根據辦學需要，2003年-2009年，沭陽師范、宿遷師范、宿遷職業技術學院、宿遷廣播電視大學先后從宿遷學院剝離出去獨立辦學。

考慮到宿遷市高等教育零基礎和經濟基礎相對薄弱的實際，省市政府采取“省市共建、八校聯建、合作辦學、公辦民營”的特殊體制與模式，組織南京師范大學、蘇州大學、揚州大學、江蘇大學、南京工業大學、徐州師范大學（現江蘇師范大學）、南京財經大學、南京工程學院等八所省屬高校和宿遷市合作舉辦宿遷學院。

2014年5月，教育部批準宿遷學院為本科層次民辦普通高校，學校成為宿遷市第一所獨立設置的全日制本科院校。

2018年5月，宿遷學院通過省學位辦評審，成為學士學位授權單位。

2020年3月，江蘇省政府報請教育部批準，宿遷學院轉制為省屬公辦本科高校。