1977年12月12日，學院的前身--'中國人民解放軍海軍第二水面艦艇學校'正式組建，定點于廣州市石井鎮(原南海艦隊石井軍械庫庫址)，占地面積528畝，行使軍級權限，直屬海軍領導。

1983年，校名改為'中國人民解放軍海軍水面艦艇學校'，

1986年6月9日，學院更名為'中國人民解放軍海軍廣州艦艇學院'。

2004年6月18日，根據中央軍委命令，原“海軍廣州艦艇學院”更名為“海軍兵種指揮學院”。