1987年經總部批準，學院開始招收攻讀碩士學位研究生，1990年經國務院學位委員會審核，批準學院為全軍首批軍事學碩士學位授予單位，現擁有10個碩士學位授權點，4個博士學位授權點。涉及工學、理學、軍事學三大學()科門類，形成了指揮與技術、工程與管理相結合的學科專業體系。

1999年經軍隊學位委員會批準，授權我院在“作戰指揮學”學科開展在職人員以同等學力申請碩士學位工作。目前，學院已成為全軍培養潛艇作戰指揮等專業高層次人才的培養基地。