2005年底，國際知名分子藥物學家、國家科技部科技發展戰略專家、北京協和醫學院榮譽教授、歸國學者許瑞安教授回到故鄉閩南華僑大學任教，12月1日受命組建華僑大學分子藥物學研究所，為分子藥物學研究所首任所長，并以所長身份出席在深圳召開的國際學術會議，揭開華僑大學藥學學科建設序幕。
2006年，分子藥物學研究所招收首批藥學研究方向的博士生2人、碩士研究生4人，共6人，初步形成一支藥學研究隊伍的雛形。華僑大學校領導十分關懷、重視分子藥物學研究所的發展，同年12月6日正式下發文件宣布分子藥物學研究所正式獨立，定位為華僑大學校直屬領導藥學科研與教學機構。研究所成立伊始，只有化工樓514與519兩個房間，條件非常艱苦，首屆研究生在攻讀學位的同時，還要參與協助開展研究所的日常工作，工作強度和學習壓力都非常大，但是這支年輕的隊伍越是艱難越向前。
2007年元月由許瑞安教授領軍、帶著學校的期待、帶領6位研究生，正式受命參與國家科研團隊競爭的洪流，領銜正式申請國家教育部分子藥物工程研究中心。同年4月刁勇教授加入藥物所團隊，并任副所長。2007年8月15日，教育部根據許瑞安教授的申請報告，組成工程中心專家組到華僑大學實地考察，召開可行性論證會。同年10月16日國家教育部正式下函（教技函[2007]72）批準以許瑞安教授為負責人的分子藥物教育部工程研究中心正式立項建設，從此華僑大學在辦學史上有了首個國家級工程研究中心。自此，分子藥物學研究所的分子藥物、中藥制劑、海洋藥物三大研究平臺正式成為藥物所的主要發展方向并納入工程中心的建設體系。學術定位于面向國際科技前沿和我國生物醫藥現代化建設，圍繞重大分子生物醫藥科技問題，開展創新性研究，培養創新性人才，促進學科交叉和學術交流。
2008年5月 分子藥物學研究所獨立招收高分子化學與物理、生物化學與分子生物學、微生物學 3個專業的碩士研究生19名。
2008年8月刁勇、許瑞安教授的“肺癌靶向性廣譜基因治療藥物的臨床前研究”獲得國家科技部863計劃專項，資助268萬。
2009年7月 分子藥物所申報生物工程專業碩士點，得到教育部的批準。藥物所的研究生培養從全日制向多樣化發展。
同月新疆醫科大學張慧副教授申報國家教育部武漢骨干教師培訓中心，被國家教育部錄取到我校深造，指導教師為許瑞安教授，成為我校第一個由教育部批準高級職稱的進修教師。自此我校正式成為國家教育部培養、訓練國家高校骨干教師的高校之一。
2009年，華僑大學正式劃撥原化工樓南側2-5樓（面積2000平方米）建設分子藥物學研究所分子藥物、藥劑與中成藥平臺。全面裝修后，藥物所以嶄新的面貌迎接教育部工程中心的驗收，廈門校區生物化工大樓9樓1200平方米為海洋藥物平臺用房。與此同時原化工車間改裝為分子藥物中試基地，亞泰制藥有限公司也為藥物所提供了中藥制劑中試基地實驗場所。
2009年5月，分子藥物學研究所獨立招收高分子化學與物理、生物化學與分子生物學、微生物學 3個專業的碩士研究生35名。博士生 2名。該年度研究所有了第一批博士畢業生2名，碩士研究生4名。 與此同時專業教師的隊伍增加至12人，均擁有國內外藥學或相關學科的博士學位。
2009年 8月刁勇教授的“防治肺癌及轉移性肺癌的基因藥物rAAV-Kal的優化”獲得國家重大新藥創制專項資金。
2009年九月刁勇教授、邱飛博士、王啟釗博士共獲得3項國家自然資金。
2009年10月研究所與新西蘭皇家科學院資深研究員林俊生博士的“核糖開關的識別與應用”課題獲得國家科技部與新西蘭科工部聯合立項。
2009年10月，分子藥物所與中僑集團、亞泰制藥一道，成功申報“福建省醫藥生物工程研究生教育創新基地”，正式成為福建省高校60個培養研究生的最重要的基地之一。
目前，分子藥物學研究所擁有基因工程、細胞工程、生物醫學工程、分子藥理學、中成藥、中藥制劑、藥物分析、藥物化學、免疫學、細胞生物學技術、病理與動物模型、藥劑學、基因藥物學實驗室以及天然藥物和海洋藥物研發中心，研究方向全面同步展開。
