依托塔里木大學建設的“新疆生產建設兵團塔里木盆地生物資源保護利用重點實驗室”位于塔里木盆地腹地新疆阿拉爾市，于2004年6月成立。實驗室以“環塔里木生物多樣性”為主要研究對象，重點圍繞“南疆特色果樹種質資源與遺傳育種、特殊微生物及其基因資源開發利用、荒漠植物生物多樣性保護與環境重建、天然產物分子結構與功能”四個研究方向從事應用基礎科學研究。
在功能重組和合理架構的過程中，形成了果樹種質資源研究室、果樹遺傳育種研究室、應用微生物研究室、生物多樣性研究室、天然產物研究室、分子生物學研究室、分析測試室、植物組織培養及種苗繁育基地、化學工程及大規模發酵中試基地的“七室兩基地”的研究單元。
實驗室現有研究人員 51 人，平均年齡 34 歲，其中固定人員31人，流動人員 20 人。研究人員中教授 10人，副教授 15 人，博士 4 人，在讀博士 2 人，碩士28人，碩士研究生導師 16 人，博士研究生導師1人，兵團跨世紀學科帶頭人 2 人。形成了一支素質高、年富力強，結構合理，具有從事原創性基礎和應用基礎研究的潛力和優勢的科研隊伍。聘請了 12 名國內知名專家組成學術委員會，對實驗室的研究與發展進行指導。
近 5 年來，承擔了 70余項國家、自治區和兵團的科研項目，獲得了“新梨 7 號”的成功選育等科研成果。目前，實驗室使用面積已達到 4000 平方米，儀器設備資產投資達 1300 多萬元，擁有大型儀器設備 70 余臺（件）。
