制藥工程省部共建教育部重點實驗室于2007年10月正式立項建設，其前身為浙江省制藥工程重點實驗室，該實驗室于2002年11月由省科技廳批復立項建設，2004年10月通過驗收。
制藥工程教育部重點實驗室集化學制藥、生物制藥、天然藥物和制藥裝備為一體，實驗室所在的生物化工、藥物化學學科均為浙江省“重中之重”學科，化工過程機械為省重點學科，并擁有藥物化學、化工過程機械、生物化工3個博士學位點，以及藥學一級學科碩士學位點和化工過程機械、生物化工碩士學位點。
實驗室用房面積3000余平方米，擁有大型儀器設備40余臺，價值達2000余萬元。2003年以來，實驗室科研人員承擔各類科縱向科研項目100余項，包括國家863項目1項，973項目1項，國家科技支撐計劃項目3項，國家自然科學基金12項；
獲國家科技發明二等獎2項，省部級以上獎項15項。在國內外著名期刊上發表論文260余篇，其中被SCI、EI、ISTP三大檢索系統收錄的論文180余篇，出版專著3部，申請發明專利160余項，其中授權專利近70項。
與企業共建研發中心、實驗基地10余個，產學研結合，近5年來，橫向科研經費達5321萬元，到款2769萬元。同時為企業創造了超億元的經濟效益，項目成果的推廣產生了顯著的社會效益。
實驗室擁有從事制藥工程方面研究的科研人員近60人，主要學術骨干36人，其中中國工程院院士1人，教授10人，副教授（高級工程師）16人，中職9人，具有博士學位人員21人，在職攻讀博士學位人員8人。
實驗室擁有享受國務院政府特殊津貼人員3名，浙江省特級專家1名，浙江省有突出貢獻中青年專家1名，，浙江省中青年學科帶頭人2名，浙江省“新世紀151人才工程”第一層次人員5名，第二層次人員5名，浙江工業大學學術帶頭人2名，學術骨干3名，全國優秀教師1名，是一支高學歷、年富力強、年齡結構和知識結構合理、具有較高學術水平和團隊精神的優秀科研隊伍。
