黑龍江流域歷史文化研究所成立于2003年10月，是黑河學院首批組建的四個研究所之一。
經過8年的建設，如今已擁有校內專兼職研究人員12名，其中教授4人，擁有研究生以上學歷者9名。另在東北范圍內聘請兼職教授、研究員9名，包括博士生導師3名。
在研究所成立之初，就確定了“立足區域歷史文化研究、服務地方經濟文化建設、促進中俄區域合作、引領區域文化方向”的發展定位。
該研究所主要是以黑龍江流域的歷史文化為研究對象，有步驟地展開對黑龍江流域歷史文化與現狀的全面研究。重點研究方向是利用地緣優勢，側重二十世紀以來中俄兩國共同開發黑龍江流域的歷史與文化研究。目前已初步形成“中俄界江文化研究”、“中俄跨界民族研究”、“中國黑龍江俄僑及俄羅斯族研究”、“中俄黑龍江沿岸近現代移民比較研究”、“五大連池旅游文化研究”、“偽滿史及日本侵略黑龍江流域史研究”、“黑龍江知青文化研究”等7個研究重點。
