經自治區教育廳審核，2011年11月，中國(新疆)與中亞區域經濟合作研究中心(簡稱基地，下同)獲批成為自治區首批29家新疆高校人文社科重點研究基地之一，也是新疆財經大學獲批的首批3個基地之一。
基地主任為段秀芳教授，副主任為李新英教授和由亞男教授。目前有專、兼職研究人員50余人，其中第一批正式聘任的研究人員有14人。該基地學術團隊結構合理、職稱結構和學歷結構高。該基地主要以地緣經濟和區域合作為機理，密切聯系新疆經濟發展實際，在中國與中亞俄羅斯經貿合作與投資、國別經濟等領域的研究成果豐碩，多項研究成果填補了國內相關領域的空白，屬于國內領先水平，已經在疆內形成顯著優勢，在新疆乃至西北地區都處于不可替代的地位，在全國的影響也日漸顯現。
基地設3個研究方向：
1.中國新疆與中亞經貿合作研究。該研究方向主要研究上海合作組織框架下的區域經濟合作，面向中亞的對外開放戰略和走出去戰略，中國新疆與中亞國家經貿關系，中國新疆與中亞國家產業分工，新疆外向型經濟與優勢產業開發，口岸經濟發展，新疆能源資源安全大通道，中亞國家經濟發展、經貿政策、投資環境、市場供求與結構等問題。
2.新疆區域發展與外向型經濟研究。該研究方向主要研究新疆優勢資源產業化發展與推進新型工業化問題；區域經濟協調發展和特殊區域的跨越式發展問題；新疆低碳經濟、循環經濟模式及規劃；新疆面向中亞的外向型經濟的產業支撐、口岸經濟發展與特殊經濟開發區產業發展與政策；新疆建設國際商貿中心、物流中心和對外合作加工基地、能源基地的途徑和對策。
3.中亞國別經濟研究。此研究方向主要對中亞國家的經濟、政治與文化發展進行歷史考察和現實研究，探索經濟全球化和區域經濟一體化進程中中亞國家經濟、政治與文化的格局變化和發展趨勢。
本基地總體建設思路是：以國家和新疆“十二五”規劃以及中央新疆工作座談會精神為指導，圍繞基地三個研究方向，以學術帶頭人和科研骨干為核心，以重大、重點及一般研究項目為載體，積極加強與校外科研機構、高校及相關職能部門和企業的合作，將基地建設成開放性的研究平臺，瞄準中國新疆與中亞區域經濟研究前沿，立足新疆實際，側重應用研究和咨詢服務，為政府決策提供依據，為企業發展提供服務。把該基地建成自治區相關政府和企業重要的咨詢智囊機構，新疆與中亞區域經濟合作前沿問題的研究中心，以及新疆與中亞經濟運行態勢的信息發布中心，力爭建成區內領先、國內先進，在全國有一定影響力的中亞經濟研究基地。
2012年，針對該領域的熱點問題，經審核，批準立項10項科研項目。其中1個重大項目 ，2個重點項目，7個一般項目，共投入經費42萬元。
