廈門大學東南亞研究中心成立于2000年9月，它是在南洋研究院基礎上組建而成。南洋研究院（前身南洋研究所）創辦于1956年，是我國最早設立的東南亞研究機構，也是我國最早設立的國際問題研究機構之一。1996年，由研究所升格為研究院。隨后，該研究院成為國家“211工程”建設子項目的機構。2004年11月，研究中心入選國家“985工程”哲學社會科學創新基地。
目前，研究中心下設東南亞政治經濟研究室、國際關系研究室、華僑華人研究室、歷史宗教文化研究室、《南洋問題研究》和《南洋資料譯叢》編輯部、圖書館、辦公室。現有國際政治和外交學本科專業，世界經濟、國際關系、專門史碩士點，政治學理論、世界經濟、專門史博士點，擁有1個國家“211工程”建設子項目、1個國家“985工程”哲學社會科學創新基地、1個省級重點學科。2005年4月成立的馬來西亞研究所，是與馬來西亞首相阿都拉·巴達維提議建立的馬來亞大學中國研究所相對應的研究機構。2008年5月成立了蘇氏東南亞研究中心，它由新加坡國立大學資深教授蘇瑞福捐資興辦。
研究中心現有科研人員18人,其中專職科研人員9人，校內外兼職科研人員9人。科研人員中具有博士學位的15人，占科研人員比重的83.3%；教授14人，教授比例達到77.8%。至2011年9月，在校本科生157人，研究生151人，其中碩士生95人，博士生56人（含海外留學生17人，國際碩士36人）。現任中心主任王勤教授，副主任廖大珂教授、李一平教授。
近年來，研究中心認真貫徹和執行教育部《普通高等學校人文社會科學重點研究基地管理辦法》，根據重點研究基地的建設標準，努力工作，積極進取，大膽創新，在科學研究、人才培養、學術交流和資料信息建設、咨詢服務以及深化科研體制改革等方面均取得了新的進展。在2004年教育部文科重點研究基地的三年考核評估中，該研究中心的考核評估成績為優。
“十一五”期間（2006－2010年），研究中心堅持以學科建設為導向，基礎研究與應用研究相結合，以完成教育部人文社會科學重點研究基地重大研究項目為龍頭，力爭在東南亞研究領域出一批全國領先、有國際影響的學術成果。近五年，
學院/研究院教師作為第一負責人承擔的各類科研項目35項，其中省部級以上項目32項，國際（境外）合作項目3項；共出版學術專著或譯著（第一作者署名）36部，發表學術論文（第一作者署名）373篇，其中在CSSCI期刊發表的學術論文205篇；獲得省部級以上社會科學優秀成果和優秀教學成果獎9項，為外交部、中聯部、商務部、國僑辦等提供了一系列決策咨詢報告，并獲得采納。從2002年起，中心正式出版《廈門大學東南亞研究中心系列叢書》，并將其作為東南亞研究的一個主要標志性成果。該系列叢書包括3種系列：（1）東南亞與華僑華人研究系列、（2）東南亞研究名著譯介系列、（3）檔案、資料系列。
近年來，研究中心積極實施國際化戰略，不斷擴大對外學術交流。每年研究中心接待數十批國際學者來訪，其中包括國際上從事國際問題和東南亞研究的著名學者；每年均舉辦大型的國際學術會議，舉辦數十場國外學者講座；每年教師和科研人員均在東南亞當地進行1個月以上的實地調研和研究工作，每年在國外發表的學術論文達10余篇。馬來西亞總理阿都拉·巴達維、高等教育部部長和房屋及地方政府部部長曾先后訪問中心。
研究中心擁有先進的科研與教學設施，在東南亞資料信息收集方面居于國內領先地位。中心擁有獨立的圖書館，館藏圖書5.3萬冊，其中外文書籍2萬余冊；現有報刊1160種，其中外文報刊880種。《南洋問題研究》（創刊于1974年）和《南洋資料譯叢》（創刊于1957年）是研究中心向國內外公開出版的學術刊物，《南洋問題研究》為中文社會科學引文（CSSCI）選用期刊。同時，研究中心已建成東南亞教學實驗室和多媒體教室，設立東南亞研究中英文學術網站（http://nanyang.xmu.edu.cn）和東南亞研究數據庫。
研究中心重視把科研制度創新作為重點基地建設的關鍵，通過主任負責制、駐所研究制度、建立課題組、研究人員聘任制和內部分配制度的改革，逐步形成新型的科研體制。五年來，中心制定《關于科研工作量考核辦法與獎勵辦法》、《關于為各類科研項目提供配套經費的暫行規定》、《關于鼓勵科研人員參加重要學術會議的暫行規定》等一系列管理條例，以建立有效的科研管理體制與激勵機制。
“十一五”期間，研究中心的發展思路是以科學發展觀為指導，根據教育部人文社會科學重點研究基地的建設標準，明確戰略目標，突出發展重點，推進學科整合，鼓勵學術創新，提高研究質量。“十一五”的發展目標與任務是，以國家發展目標與重大需求為指導，瞄準國際上東南亞研究的前沿，堅持基礎研究與應用研究、科研與教學相結合，兼顧國家發展與學科建設設立重大研究項目，繼續保持和增強東南亞研究的學科優勢和特色，不斷增強東南亞研究的綜合實力和國際競爭力，努力將研究中心建設成國際一流的東南亞研究機構。
