根據教育部、財政部提出的“高等學校創新能力提升計劃”（簡稱“2011計劃”）和習近平總書記“建設有中國特色的新型智庫”的講話精神，廈門大學于2012年10月發起成立“兩岸關系和平發展協同創新中心”（以下簡稱“兩岸協創中心”）。2013年1月，廈門大學征得復旦大學、中國社會科學院臺灣研究所、福建師范大學的同意，確定共同建設“兩岸協創中心”。2013年3月25日，在國臺辦和教育部領導的親臨見證下，“兩岸協創中心”正式揭牌。7月26日，四家共建單位在廈門大學召開第一次全體會議，公布了中心的組織架構和主要人事安排。至此，由廈門大學牽頭，北、中、南涉臺研究知名院校共同組建的兩岸關系和平發展協同創新研究中心（中國特色新型智庫）框架基本確立。
本中心旨在與海峽兩岸產、學、研、用部門通力合作，在“兩岸經濟一體化”、“兩岸社會整合”、“兩岸文教融合”、“兩岸共同事務合作管理”、“兩岸關系和平發展重大理論創新”等五大領域展開跨學科、跨部門、跨領域、跨地區的協同創新研究和實踐，破解理論和實際工作中存在的難題，產出一批高水平研究成果，培養一批頂尖研究人才，為兩岸關系和平發展提供智力支持和保障。
中心的研究將為兩岸有關單位和部門提供更具針對性和可操作性的決策參考意見，為更好地解決兩岸經濟合作、社會接軌、文教融合以及人民生活中出現的具體困難和問題，確保兩岸和平發展進程平穩快速的推進。
中心在組織架構、人員聘任、人才培養、科研管理、資源配置等方面全面實行創新機制。采用責權利關聯的研究人員聘任制、行政人員合同制、具有國際競爭力的年薪制和獎學金制。
中心最高權力機構為理事會，決定中心發展的原則與方向。理事會下設學術委員會和中心行政部，學術委員會負責中心重大學術研究計劃的制定，行政部負責中心日常工作的開展和運行。行政部設中心主任、執行主任和兩位副主任，中心主任負責平臺首席專家的招聘。中心在已有隸屬單位的人員聘用上實施“流動不調動”的用人機制。
在科學研究方面，以需求為導向，優化配置人財物資源，并建立四家單位一體化學術資源共享平臺。共建單位人員以中心名義發表的研究成果，派出單位視同本單位第一署名成果。在人才培養方面，共享四個單位優質教學資源，聯合招生，跨校多導師聯合培養，學分互認。在學科建設方面，創建“臺灣學”交叉學科，招收博士后研究人員。通過“三位一體”的制度設計，打造臺灣問題科學研究、人才培養和學科建設的國際品牌。
牽頭單位廈門大學為協同創新中心提供5000平米的科研、教學、行政辦公及會議用房；從校內協同單位全職聘任專業研究人員80人；每年配套中心建設經費3000萬元人民幣。參與單位復旦大學、中國社會科學院臺灣研究所、福建師范大學分別組織專業研究力量，并進行相應的新增資源投入。中心與平潭綜合實驗區管委會共建廈門大學臺灣研究院平潭分院，作為中心派出研究機構；與廈門海滄區政府共建行業標準協同創新中心實踐平臺；與臺灣經濟研究院、臺灣大學大陸研究中心等單位共建“兩岸經濟一體化”等協同創新研究平臺。
