中國南海研究協同創新中心是國家認定的首批14家“2011協同創新中心”之一。中心成立于2012年7月，由南京大學牽頭，外交部、海南省、國家海洋局三個政府部門支持，聯合中國南海研究院、海軍指揮學院、中國人民大學、四川大學、中國科學院、中國社會科學院等單位共同組建。
中國南海研究協同創新中心以國家重大戰略需求為導向，以實現南海權益最大化為目標，以多學科協同創新中心為主體，以“文理-軍地-校所-校校協同”為路徑，以體制機制改革為保障，全面推動南海問題綜合研究，服務國家南海戰略決策。
中心圍繞基礎研究、動態監測、戰略決策等三大方向，構建“南海史地與文化”、“南海資源環境與海疆權益”、“南海法律與國際關系”、“南海航行自由與安全穩定”、“南海周邊國家政治經濟社會”、“南海輿情監測與國際交流對話”、“南海遙感動態監測與情勢推演”、“南海問題政策與戰略決策支持”八大研究平臺，啟動南海維權證據鏈及基礎數據倉庫建設、南海問題話語權建設、南海預警及應急響應研究、南海戰略決策支持、南海高端人才培養五大工程，全力打造集學術創新體、高端智庫、人才培養基地、國際交流對話四大功能與目標于一身的中國特色新型智庫。
