吉林大學考古專業成立于1972年，由張忠培先生任專業負責人，1973年開始招收本科生。考古專業成立之初即把田野考古作為教學和科研的重點，先后發掘了大安漢書、江陵紀南城、易縣燕下都、東寧團結等遺址。80年代初又在張家口、晉中等地設立田野考古基地。1985年增設博物館學專業，并招收本科生。1986年成立獨立的校屬科研機構——吉林大學中國北方考古研究室。1987年經學校批準，考古學專業和博物館學專業從歷史系分離出來，組建獨立的考古學系，由林?教授任系主任。1999年，為進一步發揮我校在邊疆考古研究方面的優勢，有利于相關綜合性研究課題的設計與實施，在原北方考古研究室的基礎上，通過人員重組和機構改革組建吉林大學邊疆考古研究中心，由朱泓教授任中心主任。2000年經教育部批準，該中心入選教育部百所人文社會科學重點研究基地。
邊疆考古研究中心所依托的考古學及博物館學學科是1981年國務院學位委員會頒布的第一批博士學位授權點，后成為吉林省重點學科。中心成立之后，吉林大學考古學及博物館學學科進入了一個新的發展階段。2000年獲得歷史學博士后科研流動站，同年中心承擔的東北邊疆考古研究課題被列入“十五”期間國家“211工程”重點學科建設項目。2005年，以邊疆考古研究中心為依托單位申報的中國邊疆史地創新基地入選“985工程”國家哲學社會科學創新基地。2007年考古學及博物館學增列為國家重點學科。
邊疆考古研究中心以中國邊疆及毗鄰地區的古代人類、文化與環境為主要研究對象，由學術委員會負責與此相關的課題規劃及監督實施。中心下設史前考古研究室、歷史考古研究室、人類學研究室、考古DNA實驗室4個子機構，現有專、兼職研究人員19人。
2000年以來，中心先后承擔了多項重大課題，取得了一系列創新成果，已成為中國邊疆考古領域最富影響力的研究重鎮；通過吸納研究生參與重大課題的實施，造就了一批具有較強研究能力的人才，已成為國內高層次考古人才的培養基地；中心與美、俄、蒙、以等國家積極合作開展考古調查與發掘，構建了邊疆考古領域開放的國際學術交流平臺；通過不斷豐富、充實圖書及研究標本，成為邊疆考古重要的信息資料庫；中心還利用研究優勢，在世界文化遺產申報、文物保護等方面積極為國家提供決策咨詢及技術支持。
