吉林省高等學校農產品深加工重點實驗室依托于吉林農業大學，隸屬吉林省教育廳。本實驗室主要涵蓋食品科學與工程、園藝、作物學、農業環境科學與工程、作物生物技術等一級學科，包括食品科學、農產品加工及貯藏工程、糧食油脂與蛋白質工程、果樹學、蔬菜學、作物栽培學、作物遺傳育種學、農藥學、土壤學等二級學科。
本實驗室主要研究方向為食品科學與技術、果蔬等特色農業資源保鮮與加工、糧油科學與工程、農產品安全生產與質量控制。研究內容是以玉米、大豆、特色水果蔬菜等優勢農產品資源為主要研究對象，對農產品從田間到餐桌的環境安全、高產優質、采后生理、質量檢測、新產品研制、精深產品加工技術、品質評價、綜合利用、特效成分提取、營養與安全、機械與包裝設備應用等進行開發研究。其研究特色是依靠食品工程學院董事會辦學體制，加強與農產品生產與加工企業合作，實現農產品加工原料的區域化、標準化，農產品深加工產品的規模化、品牌化、安全化生產。
本實驗室建設的目的在于創建一個以開發高附加值產品為目標，以農產品高產、優質、無公害安全生產及深加工過程為技術載體的理論研究與技術開發平臺。
實驗室建設有利于生態省建設；有利于提高農產品生產安全性和農產品質量，提高農產品市場競爭力，增加農民收入，促進綠色生態型農產品加工基地建設；有利于高等學校科技創新能力建設、學科建設和人才培養，對于促進我省的食品科學研究水平提高，促進我省農產品、食品加工業的發展和水平提升。
目前國外在本領域中主要應用了農產品基因育種、分子生物學、液質譜分析、氣調保鮮、二氧化碳超臨界萃取、膜分離、色譜分離等技術對農產品生產、有效成分提取、分離，生產餐桌食品及功能性食品。國內目前在本領域中主要開展了對農產品原料的貯藏保鮮研究，基因育種研究、光合動力研究、農藥及重金屬快速檢測研究、天然食品加工技術研究，活性成分的提取分離及功能性食品的開發研究。
實驗室緊緊圍繞為國家和地方經濟建設服務的辦學宗旨，重視科學研究和科教興農工作，在農產品安全生產與質量控制方面研究具有較好的工作基礎，特別是在寒地小漿果、土壤培肥、農殘檢驗、基因育種、野生動植物功能食品等方面處于國內領先水平，取得了顯著的科研成果。
學術帶頭人胡耀輝教授學術思想活躍，研究成果顯著。科研隊伍配備合理。
實驗室可獨立開展各類科學研究，實行“開放、流動、聯合、競爭”的運行機制，實行依托單位領導下的實驗室主任負責制。本實驗室的研究方向來源于所覆蓋各學科的研究領域，同時所覆蓋各學科具有的軟、硬件條件可成為本實驗室的有利支撐。
