從2004年開始，我們本著“以學生為中心”的教育理念，以課程改革為抓手，不斷推動拔尖創新人才培養模式的深度改革。
深圳中學的課程建設有著自己的內在邏輯。遵照“學校按需施教、學生按需選學”的課程價值觀，學校以“標準課程體系”“實驗課程體系”“榮譽課程體系”為三大支柱，構建了獨具特色的深中課程譜系；三者分別具有鮮明的體系定位、課程設置、教學方式、管理模式等，供不同需求、不同特質的學生自主選擇，旨在促進每一位學生的充分發展，“讓優秀者更優秀，讓平凡者不平常”。
標準課程體系以“學術型、標準化、有效性”見長，注重學生的研究能力和學科素養的培養，其核心理念是“深中標準、精益求精”，目標在于培養具有良好個人修養和家國情懷，懂禮儀、有修養、尊重他人、尊重自然的深中學子。標準體系比較有特色的管理模式是“預警制”和“同伴教育制”。預警制致力于精準幫扶：學校聘請有豐富教育教學經驗的教師擔綱，協助班主任幫助學生解決諸如生涯規劃、學習困難、心理困惑等問題，必要時幫助學生與各任課教師溝通，實現對學生的精準指導；同伴教育制則致力于精英引領：學校培養了一批包括學長團、朋輩社團等有號召力和影響力的卓越學生組織，引導學生自治自律、民主參與，促進學生的自我教育和自我成長。
實驗課程體系的核心理念是“獨立自主、合作創造”，致力于培養具有中華文化底蘊、通曉國際規則、具備國際視野、理解跨文化交流的“深度探究者、專注篤行者、積極創造者”。這一體系分別為高考和出國兩個方向的學生提供豐富的課程選擇和眾多國際高端學術活動。體系開設的特色課程包括國際素養課程、全球網絡課程、自我成長課程、領導力課程、體育健康課程、研究實踐課程等六大門類。數學和英語學科實施分層教學，實行導師制管理模式，以滿足各類學生的不同需求。近年來，實驗體系在總結前期課程改革成果的基礎上，借鑒國際優質教育的有益經驗，引入互聯網+技術，立足全球化合作教育，為學生提供獨特而有生命活力的學習經歷和體驗機會，既著眼于學生升入優質大學，更為未來幸福美滿的人生奠定基礎。
榮譽課程體系以學科競賽、科技創新等榮譽課程為核心，倡導“科學自由、動腦動手”的體系文化，以深度校本化的體系特色課程為基礎，引領資優理科傾向學生深度學習和實踐創新，培養未來社會理（工）科高層次人才。榮譽體系在學校“本校的課程”譜系下，對原“基礎學術課程”和“深中文憑課程”進行了特色化改造，形成適合資優學生特點及選擇需要的“體系基礎課程”和“體系榮譽課程”兩大系列。“體系基礎課程”以學生必修課程為主，包含語文、數學、英語等14門學科在內的校本化國家必修課程和體系特色必修課程、選修課程；“體系榮譽課程”包含國家必修課程（榮譽）、學科競賽課程、中國大學先修課程（AC）、自主招生課程（數學、物理）、高端學術活動課程等五大類別。
體系推行“全員德育模式”：高考方向學生實行導師制管理，每位導師管理20名學生，所有任課教師均為導師；出國方向學生實施“班主任+升學指導”的管理模式。
